Mərkəzin əsas fəaliyyət istiqamətləri aşağıdakılardır:

İşğaldan azad olunmuş ərazilərin sosial-iqtisadi reabilitasiyası, dirçəldilməsi və bütövlükdə Qarabağın sosial-iqtisadi inkişaf problemlərinə dair iqtisadi və sosial elmlər üzrə elmi tədqiqatlar aparmaq, tədqiqat nəticəsində ortaya çıxan problem, təklif və tövsiyələri elmi mühit, cəmiyyət, dövlət və özəl sektor qurumları ilə bu və digər formada bölüşmək;

Regionun təbii və iqtisadi resurslarının fundamental araşdırmasını aparmaq və məqsədli dövlət proqramlarının hazırlanması, müəssisələrin yaradılması, azad iqtisadi zonalar, sənaye klasterləri, sənaye parkları, sənaye məhəllələri, turizm-rekrasiya klasterləri, aqroparklar, istehsal-ixrac zonaları, elmi-texniki parklar və s. təşkili üzrə təkliflər, layihələr-biznes planlar hazırlamaq, dövlət qurumlarına, potensial investorlara təqdim etmək, özəl innovasiya-investisiya və digər sahibkarlıq, biznes subyektləri ilə sıx əməkdaşlıq etmək.